新疆廣匯飛虎（2014−2017）

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2014年1月2日，遼寧省體育局證實，周琦已從遼寧轉會至新疆，將代表新疆男籃參加下賽季CBA聯賽[6]。

2014年2月，周琦首次入圍國家隊大名單[7]，之後入選國奧隊參加了2014年男籃亞洲杯，獲得第四名。8月入選國青隊，參加男籃亞青賽，幫助中國隊實現三連冠。

2015年10月，幫助中國國家籃球隊獲得第二十八屆亞洲籃球錦標賽冠軍。周琦表現優異，入選賽會最佳陣容。

2017年4月，周琦效力的新疆喀什古城隊最終以4:0戰勝廣東東莞銀行隊奪得2016-17年中國男子籃球職業聯賽總冠軍，這是新疆隊首次CBA奪冠，成為CBA歷史上第六支總冠軍球隊。[8]

2017年5月4日，國家體育總局公布的《2017年優秀運動員免試入學推薦名單及訊息公示》中，周琦的名字赫然在列[9]。2017年8月3日，正在美國與火箭會合特訓的周琦，收到了上海交通大學的錄取通知書，周琦被該校安泰經濟與管理學院經濟學類國際經濟與貿易專業正式錄取[10][11]，9月10日參加了上海交大的開學典禮[12]。

2017年9月，在第十三屆全國運動會男籃賽事上，周琦所在的遼寧隊最終戰勝新疆隊首次在全運會上奪冠。[13]

2018年9月1日，周琦在雅加達亞運會決賽中砍下15分11籃板2助攻4封阻，率領中國男籃紅隊以84比72擊敗伊朗，奪得亞運會冠軍。此時，周琦已經達成亞洲全滿貫(兩次亞青賽U16、U18、CBA青年聯賽、 全運會青年賽、亞錦賽、CBA、全運會、亞運會冠軍)的驚人壯舉，亦同時成為中國籃球史上生涯冠軍數最多的的球員(土耳其邀請賽冠軍加上上述冠軍合共11個冠軍)。

侯斯頓火箭（2017−2018）

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2016年4月，他宣布將參加2016年NBA選秀大會。[14]美國當地時間2016年6月23日進行的NBA選秀大會上，周琦在次輪第43順位被侯斯頓火箭選中。[15]跟原本預測的首輪13順位和首輪23順位落差極大，這事令周琦一度陷入失意和迷茫，導致了他接下來在里約奧運會等賽事上也沒有發揮出好的表現。

2016年10月，來華的火箭隊的體能教練占美為周琦制定了詳盡的訓練計劃。

2017年7月，侯斯頓火箭隊公布了其夏季聯賽名單，其中周琦身披9號戰袍。另據侯斯頓當地報紙報道稱：周琦與侯斯頓火箭隊簽訂了一份為期4年557萬美元的底薪合約。[16]他在NBA夏季聯賽中首秀。

2017年10月21日，火箭對上達拉斯獨行俠。周琦迎來常規賽首秀，登場7分鐘，攻下3籃板1封阻。2017年11月2日，周琦職業生涯首次得分。在他的新秀賽季期間，多次被下放至NBA發展聯盟的里奧格蘭德山谷毒蛇。

2018年7月，周琦第二次參加夏季聯賽，在四場比賽中分別交出10分5籃板、9分6籃板4封蓋、12分8籃板1助攻5封蓋以及17分7籃板1助攻4封蓋的亮眼成績，場均兩分命中率超過80%，三分命中率亦超過50%。夏聯期間亦有網友拍攝到周琦正在拉斯維加斯當地某場館內接受加納特的訓練。[17]

2018年12月18日，根據雅虎體育NBA記者Shams Charania報導，侯斯頓火箭已經將中國球員周琦給裁掉，而之後火箭總管達雷爾·莫雷也透過官方社交媒體確認了此事。[18]

回歸新疆廣匯飛虎（2019-2021）

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2019年8月14日，周琦發布視頻宣布回歸新疆隊，雙方簽約2年，合約在2021年7月31日到期[19]。

2021年7月起，周琦與新疆廣匯男籃俱樂部因合約爭議產生分歧。新疆廣匯方面稱，周琦的合約於2021年7月31日到期，俱樂部按流程於6月25日向周琦方遞交D類續約合約，同時向CBA聯盟完成備案，這意味着周琦只能繼續和新疆廣匯簽約。但周琦方面認為自己已經是自由身，於是周琦拒絕與新疆廣匯續簽，也沒有歸隊。周琦向CBA公司提出上訴、申請仲裁，不過CBA方面不支持周琦的調解請求。[20]

2021年8月24日，中國籃協收到了周琦就與新疆廣匯籃球俱樂部有限公司球員合約爭議提交的仲裁申請書，並已開始調查和了解有關情況[21]。隨後，8月29日早間，周琦在個人社交媒體宣布退出2021-2022賽季CBA聯賽[22]。

2023年2月17日，中國籃協發布公告，表示周琦能以自由身身份加盟其他CBA俱樂部[20]。

東南墨爾本鳳凰（2021-2022）

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2021年9月8日，周琦以為期兩年合約加盟澳大利亞國家籃球聯賽（NBL）東南墨爾本鳳凰[23]。

2022年9月27日，周琦確定以一年合約重返東南墨爾本鳳凰[24]。12月19日，東南墨爾本鳳凰宣布周琦因家庭因素返回中國[25]。